Kurzemē hercoga Gotharda Ketlera valdīšanas laikā (1561-1587) visas baznīcas katoļiem tika atņemtas un nodotas luterāņiem, bet katoļticīgie Lēnās bija vēl 18. gadsimta sākumā. 1722. gadā Durbes īpašnieks Ernests Fromholds Ostenzakens savā īpašumā ieguva Līces, Lēnu, Mugurkaula un Bātes muižas un, pats pāriedams katoļticībā, veco pussagruvušo baznīcu atdeva katoļiem. Pēc reformācijas grāfs Šembeks no Sakena nopirka Lēnu muižu, ko uzdāvināja katoļu baznīcai Livonijas bīskapu uzturēšanai. Lēnu kapsētā bija veca koka kapela. Tās vietā 1750. gadā par Livonijas bīskapa Jāzepa Puzina līdzekļiem uzcēla pašreizējo baznīcu. Lēnās dzīvoja bīskapi Jāzeps Puzina un Antons Ostrovskis, jo tā bija Livonijas bīskapu vasaras rezidence. Bīskaps Jāzeps Puzina nomira 1752. gadā un tika apbedīts baznīcas kriptā. Bīskapu Ostrovski 1758. gadā pārcēla par Kijevas palīgbīskapu. Vēlāk Lenās dzīvoja bīskaps Aleksandrs Lodzinskis, kuru pēc nāves arī apbedīja dievnama pagrabā. Baroni Ostenzakeni Lēnu muižu no baznīcas vēlējās atgūt, baidīdamies, ka pēc Kurzemes pievienošanas Krievijas impērijai tas var realizēties, bīskaps Gedroics Lēnu muižu pārdeva Ostenzakeniem par 10 tūkstošiem skudu. Iegūto naudu noguldījis bankā un ar iegūtajiem peļņas procentiem atbalstījis nabadzīgākās Kurzemes baznīcas. Tas tika darīts arī pēc Kurzemes katoļu diecēzes pievienošanas Viļņas bīskapijai 1798. gadā un pēc 1848. gada, kad Kurzemes katoļu diecēzi pievienoja Žemaitijas bīskapijai.
1974. gadā uz Rundāles pils muzeju tika pārvesti zārkos saglabājušās bīskapu tērpu fragmenti, mitras, zābaki un citi priekšmeti.
2000. gadā uzcelts jauns galda altāris, kuru dāvinājuši Neatkarīgās Maltas bruņinieku ordeņa kavalieri.